หลังชาร์ลเสียชีวิต แมรี ธิดาเลี้ยงของมาร์กาเร็ตได้สืบทอดตำแหน่งเป็นดัชเชสแห่งบูร์กอญต่อจากบิดา ข้อเสมอสมรสมากมายเริ่มหลั่งไหลเข้ามา แต่มาร์กาเร็ตได้แนะนำให้มารีสมรสกับมัคซีมีลีอานแห่งฮาพส์บวร์คตามความประสงค์ของบิดาของมารี ทั้งคู่สมรสกันในวันที่ 18 สิงหาคม ค.ศ. 1477 มารีได้ให้กำเนิดบุตรชายชื่อฟีลิปในปี ค.ศ. 1478 หลังจากนั้นก็ได้ให้กำเนิดบุตรสาวคือมาร์กาเร็ตแห่งออสเตรีย

ฝรั่งเศสที่เดินหน้าโจมตีบูร์กอญจากทุกทิศทุกทางอาศัยช่วงที่บูร์กอญขาดเสถียรภาพทำการพิชิตบูร์กอญ ถึงกระนั้นพระเจ้าหลุยส์ที่ 11 ก็ยังคงเล็งเห็นถึงความอันตรายของมาร์กาเร็ตและพยายามซื้อใจเธอด้วยการเสนอเบี้ยบำนาญจากฝรั่งเศสและสัญญาว่าจะให้การคุ้มกันเธอ แต่กลับถูกเธอปฏิเสธอย่างเหยียดหยัน

ปี ค.ศ. 1482 โศกนาฏกรรมถาโถมเข้าใส่มาร์กาเร็ตเมื่อมารีตกจากหลังม้าจนคอหัก อาการบาดเจ็บสาหัสทำให้เธอเสียชีวิตในวันที่ 27 มีนาคนของปีนั้น มาร์กาเร็ตต้องการเป็นผู้พิทักษ์บุตรของมารีแต่กลับถูกปฏิเสธ บูร์กอญภายใต้การครอบงำของฝรั่งเศสได้ยึดสิทธิ์ในการดูแลเด็ก ๆ และได้ลงนามในสนธิสัญญาอาร์ราสกับฝรั่งเศส มาร์กาเร็ตแห่งออสเตรีย หลานเลี้ยงของมาร์กาเร็ตถูกจับหมั้นหมายกับดูแฟ็งแห่งฝรั่งเศส เธอถูกส่งตัวไปเติบโตในราชสำนักฝรั่งเศส

มาร์กาเร็ตประสบกับโศกนาฏกรรมมากมายที่เกิดขึ้นภายในครอบครัว ปี ค.ศ. 1478 จอร์จ ดยุคแห่งแคลเรนซ์ พี่น้องชายของเธอถูกพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 พี่น้องชายของตนเองประหารชีวิต ตัวพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเองสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1483 และพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 น้องชายคนสุดท้องของครอบครัวก็สิ้นพระชนม์ในสนามรบในปี ค.ศ. 1485 ราชวงศ์ยอร์กไม่ได้ปกครองอังกฤษอีกต่อไป แต่มาร์กาเร็ตยังคงสร้างความวุ่นวายและคอยให้การสนับสนุนใครก็ตามที่เป็นปรปักษ์กับราชวงศ์แลงคัสเตอร์ต่อไป

ปี ค.ศ. 1493 มาร์กาเร็ตได้บูร์กอญกลับคืนมาและได้สานต่อภาระหน้าที่ในฐานะดัชเชสม่าย เธอได้อยู่เห็นการสมรสของหลานชายเลี้ยง ทั้งยังได้ดูแลลูก ๆ ของเขา

มาร์กาเร็ตแห่งยอร์กถึงแก่กรรมเมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน ค.ศ. 1503 ด้วยวัย 57 ปีที่เมเคอเลินในแฟลนเดอส์